O Núcleo de Ensino e Pesquisa tem por finalidade o planejamento, coordenação, execução, acompanhamento, além de monitorar e avaliar as atividades relacionadas ao Programa de Pesquisa para o SUS e as demais pesquisas na área de saúde. Com a criação da Escola de Saúde Pública - ESP, todos os trabalhos de pesquisas de campo que seja necessário adentrar as dependências dos hospitais públicos do Estado do Amapá, deve ser enviado através da ESP, seja o pesquisador de instituição privada ou pública.